SYNOPSIS

LogolExec [-h]

INSTALLATION

 Logol requires the Cassiopee Ruby gem. To install it run:
 gem install cassiopee

CONFIGURATION

 LogolExec use a default configuration file in /etc/logol/logol.properties. It is possible to specify a different configuration file via command-line. Temporary and results directory must be writable by the user.
 By default, /var/lib/logol/results contains generated results and /tmp is used at temporary directory.
 .PP

OPTIONS

 Minimum arguments are -m for logol model or -g for logol grammar, and -s for input sequence

MAIN OPTIONS

-h

 display the list of commands.

-v

 get version

-conf

 specify configuration file

-s

 sequence file to analyse.

-g

 grammar file to analyse

-m

 model file to analyse

-check

 check a grammar, no execution. Requires -g

-dna

 analyse dna, is default

-rna

 analyse rna

-protein

 analyse protein

-max

  maximum returned solutions

-all

 analyse both directions of the sequence

-output

 output file name, must be unique

OTHER OPTIONS

-sequenceID

 position of sequence in bank

-uid

 Use a defined identifier for the query

-lmax

 maximum length of a variable

-maxspacer

 maximum size of a spacer

-offset

 Offset value to add to positions

-start

 Start position on sequence

-end

 End position on sequence

-noclean

 Do not delete created files after treatment (for debug)

-enabledups

 enable duplicate result matches. By default only keep singletons

-filter

 Type of filter when enabledups is not enabled. Allowed types are exact(default),local,local0,global.

-lmin

 minimum length of a variable (to speedup parsing)

-c

 maximum size of a match (to speedup parsing)

-maxres

 maximum result size of a match  (to speedup parsing)

AUTHOR

Olivier Sallou (olivier.sallou (at) irisa.fr)