SYNOPSIS

LogolMultiExec [-h]

INSTALLATION

 LogolMultiExec needs the drmaa library. Default is to use SGE library. If another is used,
 one should update the symbolic link in  /usr/share/logol/lib/drmaa.jar to the correct library.
 LD_LIBRARY_PATH must also updated in /sur/share/logol/LogolMultiExec.sh

CONFIGURATION

 LogolMultiExec and LogolExec share the same configuration file. See LogolExec man page for more info.
 .PP

OPTIONS

 Minimum arguments are -m for logol model or -g for logol grammar, and -s for input sequence

MAIN OPTIONS

-h

 display the list of commands.

-v

 get version

-conf

 specify configuration file

-s

 sequence file to analyse.

-g

 grammar file to analyse

-m

 model file to analyse

-dna

 analyse dna, is default

-rna

 analyse rna

-protein

 analyse protein

-max

  maximum returned solutions

-all

 analyse both directions of the sequence

-out

 Zip output file name

-fasta

 Add fasta conversion of the matches to the result archive

-contig

 Set the input bank as contig sequences

-guid

 Unique identifier for the query

-email

 Email address to sent result availability info
 (needs mail setup)

-local

 Use local mode (multi core)

-sge

 Use SGE mode

-forcesplit

 Force the sequence splitting according to parameters and whatever is the number of model used in grammar

OTHER OPTIONS

-lmax

 maximum length of a variable

-maxspacer

 maximum size of a spacer

-noclean

 Do not delete created files after treatment (for debug)

-enabledups

 enable duplicate result matches. By default only keep singletons

-filter

 Type of filter when enabledups is not enabled. Allowed types are exact(default),local,local0,global.

-lmin

 minimum length of a variable (to speedup parsing)

-maxmatchsize

 maximum size of a match (to speedup parsing)

-maxres

 maximum result size of a match  (to speedup parsing)

AUTHOR

Olivier Sallou (olivier.sallou (at) irisa.fr)