LogolMultiExec(1) Program to parse a logol grammar and search pattern in a sequence, it

SYNOPSIS

LogolMultiExec [-h]

INSTALLATION


 LogolMultiExec needs the drmaa library. Default is to use SGE library. If another is used,
 one should update the symbolic link in  /usr/share/logol/lib/drmaa.jar to the correct library.
 LD_LIBRARY_PATH must also updated in /sur/share/logol/LogolMultiExec.sh

CONFIGURATION


 LogolMultiExec and LogolExec share the same configuration file. See LogolExec man page for more info.
 .PP

OPTIONS


 Minimum arguments are -m for logol model or -g for logol grammar, and -s for input sequence

MAIN OPTIONS

-h

 display the list of commands.
-v

 get version
-conf

 specify configuration file
-s

 sequence file to analyse.
-g

 grammar file to analyse
-m

 model file to analyse
-dna

 analyse dna, is default
-rna

 analyse rna
-protein

 analyse protein
-max

  maximum returned solutions
-all

 analyse both directions of the sequence
-out

 Zip output file name
-fasta

 Add fasta conversion of the matches to the result archive
-contig

 Set the input bank as contig sequences
-guid

 Unique identifier for the query
-email

 Email address to sent result availability info
 (needs mail setup)
-local

 Use local mode (multi core)
-sge

 Use SGE mode
-forcesplit

 Force the sequence splitting according to parameters and whatever is the number of model used in grammar

OTHER OPTIONS

-lmax

 maximum length of a variable
-maxspacer

 maximum size of a spacer
-noclean

 Do not delete created files after treatment (for debug)
-enabledups

 enable duplicate result matches. By default only keep singletons
-filter

 Type of filter when enabledups is not enabled. Allowed types are exact(default),local,local0,global.
-lmin

 minimum length of a variable (to speedup parsing)
-maxmatchsize

 maximum size of a match (to speedup parsing)
-maxres

 maximum result size of a match  (to speedup parsing)

AUTHOR

Olivier Sallou (olivier.sallou (at) irisa.fr)