• Bio::Tools::Run::Maq::Config
• Bio::Tools::Run::Match
• Bio::Tools::Run::MCS
• Bio::Tools::Run::Meme
• Bio::Tools::Run::Minimo
• Bio::Tools::Run::Newbler
• Bio::Tools::Run::ParametersI
• Bio::Tools::Run::Phrap
• Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby
• Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base
• Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL
• Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest
• Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL
• Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC
• Bio::Tools::Run::Phylo::LVB
• Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML
• Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best
• Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml
• Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml
• Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver
• Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
• Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase
• Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml
• Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree
• Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy
• Bio::Tools::Run::Phylo::SLR
• Bio::Tools::Run::Primer3
• Bio::Tools::Run::Promoterwise
• Bio::Tools::Run::Pseudowise
• Bio::Tools::Run::RemoteBlast
• Bio::Tools::Run::RepeatMasker
• Bio::Tools::Run::RNAMotif
• Bio::Tools::Run::Samtools
• Bio::Tools::Run::Samtools::Config
• Bio::Tools::Run::Seg
• Bio::Tools::Run::Simprot
• Bio::Tools::Run::StandAloneBlast
• Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus
• Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus::BlastMethods
• Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast
• Bio::Tools::Run::StandAloneWUBlast
• Bio::Tools::Run::TigrAssembler
• Bio::Tools::Run::Tmhmm
• Bio::Tools::Run::tRNAscanSE
• Bio::Tools::Run::Vista
• Bio::Tools::Run::WrapperBase
• Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts
• Bio::Tools::Seg
• Bio::Tools::SeqPattern
• Bio::Tools::SeqStats
• Bio::Tools::SeqWords
• Bio::Tools::Sigcleave
• Bio::Tools::Signalp
• Bio::Tools::Signalp::ExtendedSignalp
• Bio::Tools::Sim4::Exon
• Bio::Tools::Sim4::Results
• Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::saigo
• Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::tuschl
• Bio::Tools::Spidey::Exon
• Bio::Tools::Spidey::Results