• Bio::Tools::Phylo::Molphy
• Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result
• Bio::Tools::Phylo::PAML
• Bio::Tools::Phylo::PAML::Codeml
• Bio::Tools::Phylo::PAML::ModelResult
• Bio::Tools::Phylo::PAML::Result
• Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist
• Bio::Tools::pICalculator
• Bio::Tools::Prediction::Exon
• Bio::Tools::Prediction::Gene
• Bio::Tools::Primer3
• Bio::Tools::Primer::Assessor::Base
• Bio::Tools::Primer::AssessorI
• Bio::Tools::Primer::Feature
• Bio::Tools::Primer::Pair
• Bio::Tools::Prints
• Bio::Tools::Profile
• Bio::Tools::Promoterwise
• Bio::Tools::PrositeScan
• Bio::Tools::Protparam
• Bio::Tools::Pseudowise
• Bio::Tools::pSW
• Bio::Tools::QRNA
• Bio::Tools::RandomDistFunctions
• Bio::Tools::RepeatMasker
• Bio::Tools::RNAMotif
• Bio::Tools::Run::Alignment::Amap
• Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
• Bio::Tools::Run::Alignment::DBA
• Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap
• Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign
• Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
• Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT
• Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle
• Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal
• Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign
• Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons
• Bio::Tools::Run::Alignment::Proda
• Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
• Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta
• Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee
• Bio::Tools::Run::Analysis
• Bio::Tools::Run::Analysis::soap
• Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
• Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap
• Bio::Tools::Run::AssemblerBase
• Bio::Tools::Run::BEDTools
• Bio::Tools::Run::BEDTools::Config
• Bio::Tools::Run::BlastPlus
• Bio::Tools::Run::Bowtie
• Bio::Tools::Run::Bowtie::Config
• Bio::Tools::Run::BWA
• Bio::Tools::Run::BWA::Config
• Bio::Tools::Run::Cap3
• Bio::Tools::Run::Coil
• Bio::Tools::Run::EMBOSSacd
• Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication
• Bio::Tools::Run::Ensembl
• Bio::Tools::Run::Eponine
• Bio::Tools::Run::ERPIN
• Bio::Tools::Run::FootPrinter
• Bio::Tools::Run::Genemark
• Bio::Tools::Run::GenericParameters
• Bio::Tools::Run::Genewise
• Bio::Tools::Run::Genscan
• Bio::Tools::Run::Gerp
• Bio::Tools::Run::Glimmer
• Bio::Tools::Run::Hmmer
• Bio::Tools::Run::Infernal
• Bio::Tools::Run::Maq